Para alterar a configuração padrão do Git da pasta /public para dentro do diretório raiz você precisa fazer o seguinte passo a passo:
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Acessar o seu servidor via SSH.
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Acessar o diretório /git/seudomíniotemporário/hooks
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Utilizar o comando vim post-receive
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Modificar o arquivo post-receive para ele ficar da seguinte forma:
GITWORKTREE=$HOME/ git checkout -f
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Salvar alterações no vim.